Medzi najčastejšie ochorenia semenníkov patrí zápal semenníka a nadsemenníka, hydrokéla – prítomnosť tekutiny v miešku, nezostúpenie semenníkov do mieška, nádory semenníkov a varikokéla – zväčšenie žíl v miešku.
Nezostúpenie semenníkov do mieška je vrodená vada a môže byť jednostranné, alebo obojstranné. Hydrokéla sa môže vyskytovať v detskom veku aj v dospelosti. Nádory semenníkov sú väčšinou zhubné a vyskytujú sa najčastejšie vo veku 15-35 rokov. Varikokéla sa objavuje okolo puberty. Zápaly semenníka a nadsemenníka sa vyskytujú u dospelých mužov.